這個(gè)階段的方舟子毀譽(yù)參半。一方面針對(duì)打著高科技旗號(hào)的商業(yè)欺詐屢有斬獲，另一方面，因傳統(tǒng)之名的風(fēng)水、中醫(yī)愛(ài)好者又對(duì)方舟子頗有怨言，展開(kāi)集體圍攻。另一名老科普作家郭正誼還記得，實(shí)際上，當(dāng)時(shí)方舟子已經(jīng)面臨人身攻擊的威脅�！胺街圩赢�(dāng)時(shí)在新華書(shū)店發(fā)布新書(shū)，頭天夜里，就有4個(gè)人摸到方舟子家門(mén)鬧去了�！�

　　關(guān)于偽科學(xué)的爭(zhēng)論，陶世龍說(shuō)，中醫(yī)、風(fēng)水，在中國(guó)民間有著強(qiáng)大的土壤�！�(方)有些事不太策略，打擊面大一些。有些事情不能急，要一步步來(lái)。中醫(yī)的問(wèn)題，100年來(lái)都沒(méi)解決，現(xiàn)在一下子也不能解決。要留給時(shí)間去解決。方舟子花了很大力量批評(píng)中醫(yī)，后來(lái)才漸漸少一些。我看他最近對(duì)中醫(yī)的看法就好多了。其實(shí)你抓唐駿、李一，這些社會(huì)效果更好。但是你不能這么要求方舟子。他自己接觸到看到什么就搞什么。如果都講究策略就不叫方舟子了。”

　　那個(gè)說(shuō)真話(huà)的孩子

　　“他就是一個(gè)喜歡說(shuō)真話(huà)的人。”陶世龍說(shuō)。也有人認(rèn)為方舟子是一個(gè)在沉默的大多數(shù)里，像安徒生童話(huà)中那個(gè)說(shuō)皇帝沒(méi)有穿衣服的孩子。

　　北師大副教授田松學(xué)物理出身，在報(bào)社做過(guò)記者，“我接觸過(guò)有權(quán)威的科學(xué)家剽竊、偽造數(shù)據(jù)、壓制學(xué)生和同行的案例太多了，但是國(guó)內(nèi)媒體對(duì)此完全失語(yǔ)。在2000年前后，方舟子利用新語(yǔ)絲，對(duì)中國(guó)的基本學(xué)術(shù)道德提出批評(píng)，把這些事捅出來(lái)，在當(dāng)時(shí)起到了重要的積極作用�！钡�是，田松認(rèn)為：“自從2005年以后，隨著國(guó)內(nèi)互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展，個(gè)人博客的興起，方舟子已經(jīng)不是不可替代的了。并且，由于方舟子的打假存在理論和實(shí)踐上的雙重問(wèn)題。他的打假對(duì)于制度建設(shè)沒(méi)有幫助，打假與打人、公仇與私憤，在新語(yǔ)絲分不清；甚至對(duì)某些人無(wú)中生有。所以現(xiàn)在，方舟子的存在對(duì)于中國(guó)學(xué)術(shù)界來(lái)說(shuō)，不僅毫無(wú)益處，而且有害。”

　　常在河邊走，哪能不濕鞋。在越來(lái)越多的打假中，方舟子官司纏身。彭劍稱(chēng)，最多的時(shí)候“同時(shí)有幾個(gè)案子開(kāi)庭”。后來(lái)新語(yǔ)絲專(zhuān)門(mén)成立了一個(gè)基金。彭劍稱(chēng)，這筆錢(qián)主要用于支付因?yàn)榇蚣贁≡V引發(fā)的賠償。襲擊事發(fā)后，律師正在考慮為方舟子出行配備保安，但方舟子并沒(méi)有過(guò)多擔(dān)心，“該怎么做還是怎么做”。

　　突如其來(lái)的襲擊事件，多少改變了方舟子天馬行空的生活，按計(jì)劃，8月31日晚上，方舟子要到中關(guān)村出席一個(gè)IT界的活動(dòng)并發(fā)表關(guān)于互聯(lián)網(wǎng)的演說(shuō)。到了下午，他臨時(shí)決定取消：“這個(gè)時(shí)候去顯然不太合適�！�

　　為了打假，遭遇肉體襲擊，還失去了自由活動(dòng)的樂(lè)趣，盡管有心理準(zhǔn)備，但是方舟子或許沒(méi)想到會(huì)付出如是代價(jià)。

　　劉華杰說(shuō)，其實(shí)方舟子憑自己的才能，可以生活得很好，至少可以在高�；蛘哐芯繖C(jī)構(gòu)謀個(gè)職位，但是方選擇了打假。他認(rèn)為方舟子過(guò)得并不如意，連說(shuō)， “可惜了�！眲⒄f(shuō)：“寫(xiě)稿能掙幾個(gè)稿費(fèi)？科普書(shū)在中國(guó)也不會(huì)是暢銷(xiāo)書(shū)。中國(guó)傳統(tǒng)社會(huì)是根本不講科學(xué)的。所以你可以感覺(jué)到方舟子宣傳科學(xué)，不是社會(huì)真正歡迎的東西。”

　　方舟子的生活很簡(jiǎn)單。開(kāi)的是普通的豐田車(chē)，住的是二居室，物質(zhì)上沒(méi)什么很高的追求。他以前最希望擁有的奢侈品都是一些篇幅巨大或非常昂貴的書(shū)籍，包括《不列顛百科全書(shū)》、《牛津英語(yǔ)大詞典》、《明實(shí)錄》和二十四史，曾經(jīng)在圖書(shū)館看到一直想有一套，但買(mǎi)不起也擺不下。

　　方舟子的作息習(xí)慣是下午睡覺(jué)，晚上工作。和“消滅中國(guó)傳統(tǒng)文化”的指責(zé)相反，方舟子對(duì)傳統(tǒng)的陳氏太極拳很有研究，幾乎每天習(xí)練，身手還算敏捷，所以在此次襲擊時(shí)得以?xún)e幸脫身。

　　方舟子多次表示，自己其實(shí)不愿意打假，最大的愿望，是重新翻譯一遍《進(jìn)化論》。他說(shuō)：“說(shuō)實(shí)話(huà)，我有時(shí)候感到沮喪，因?yàn)樵趯W(xué)術(shù)領(lǐng)域的打假，即使證據(jù)確鑿，一旦涉及到體制內(nèi)的打假，很多都不了了之�！倍�新語(yǔ)絲被屏蔽，只能通過(guò)鏡像閱讀，也被看作不被體制支持的例證。

　　但是已然欲罷不能。從最早打?qū)W術(shù)腐敗，后期方舟子的打假范圍擴(kuò)大至公眾人物，如唐駿、李一。方舟子開(kāi)了微博，和新語(yǔ)絲并肩作戰(zhàn)，刀鋒過(guò)處如切瓜剁菜。幾乎每一次打假都給方舟子帶來(lái)新的聲望，但是危險(xiǎn)也在悄然擴(kuò)大和逼近。好心人也在提醒方，“戰(zhàn)線(xiàn)拉得太長(zhǎng)了”，但是方舟子的微博上的留言將他的個(gè)性展露無(wú)遺：沒(méi)有興趣聽(tīng)取關(guān)于為人處世的任何忠告。