而柴靜則認(rèn)為，“方先生行文說話的風(fēng)格有爭(zhēng)議，但作為一個(gè)記者，我認(rèn)同他‘對(duì)真相要有潔癖’的說法，真相不能附加任何前提，不能強(qiáng)制要求真相長(zhǎng)著一張慈眉善目的臉，那樣的結(jié)果很可能是普遍虛偽的產(chǎn)生。”

　　“方舟子優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)同樣突出。方舟子的優(yōu)點(diǎn)就是他的缺點(diǎn)，如果都去掉就沒他的特點(diǎn)了�！碧帐例堈f。

　　由學(xué)術(shù)分歧到個(gè)人恩怨，方舟子沒能歸屬于任何一個(gè)小圈子。他像無法找到大部隊(duì)的堂吉訶德，孤身挑戰(zhàn)一個(gè)又一個(gè)風(fēng)車。方多次表示，自己不適合按部就班的生活。網(wǎng)絡(luò)寫作、打假、自由支配時(shí)間的這種工作方式最適合自己。

　　得罪眾人的打假

　　方舟子自己最難忘的一次打假，是2001年上半年揭露核酸營養(yǎng)品騙局的案例。這是他揚(yáng)名立萬的處子秀。

　　他曾說：“當(dāng)時(shí)剛剛開始打擊學(xué)術(shù)腐敗，涉及的案例還不多；這個(gè)案例牽涉到了眾多生物化學(xué)界的人士，一個(gè)學(xué)過生物化學(xué)的人都知道是騙局的東西，竟然有那么多中國的生物化學(xué)家在為之捧場(chǎng)、狡辯，令我這個(gè)學(xué)生物化學(xué)出身的人感到震驚�！边@個(gè)案例涉及了廣大消費(fèi)者的利益，也引起了南方周末等媒體的監(jiān)督報(bào)道，各媒體的報(bào)道持續(xù)了近半年時(shí)間，后來連衛(wèi)生部、國家工商總局都出來發(fā)了通知，影響比較大。方舟子回憶：“美國《科學(xué)》雜志因?yàn)檫@個(gè)事件專文報(bào)道了我在網(wǎng)上打擊學(xué)術(shù)造假的事跡。很少有中國人有過這種殊榮�！�

　　新語絲幾乎稱得上中國最大的學(xué)術(shù)打假舉報(bào)平臺(tái)。一位匿名人士稱，“為什么大家都去新語絲舉報(bào)，因?yàn)槲覀儑�家正常舉報(bào)沒有用。比如舉報(bào)領(lǐng)導(dǎo)學(xué)術(shù)腐敗，基本是白費(fèi)。所以人們匿名到方舟子那里舉報(bào)，這樣是最痛快的途徑。換句話說，是體制問題造就了方舟子，出現(xiàn)這樣的人，是因?yàn)檎麄�(gè)社會(huì)糾錯(cuò)機(jī)制出了問題�！�

　　方舟子至少成功開辟了兩條打假路徑。一是科研機(jī)構(gòu)的學(xué)術(shù)腐敗。這是方舟子的長(zhǎng)項(xiàng)，他熟知科研規(guī)則，從基因皇后，到論文造假，幾乎彈無虛發(fā)。而另一條戰(zhàn)線則集中揭露偽科學(xué)、中醫(yī)、風(fēng)水，方舟子遭遇了來自民間的強(qiáng)大阻力。

　　中國科學(xué)院自然科學(xué)史研究所的研究員宋正海，曾經(jīng)寫過《令人深思的“蔣春暄現(xiàn)象”》，推介航天工業(yè)總公司二院的蔣春暄高級(jí)工程師，稱其數(shù)論成果堪比諾貝爾獎(jiǎng)。方舟子公開批評(píng)蔣春暄沒有發(fā)表權(quán)威論文，沒有得到學(xué)界認(rèn)可，不符科學(xué)規(guī)則，至多歸為“民間科學(xué)家”之列。宋正海指責(zé)方舟子濫用了科學(xué)概念，動(dòng)不動(dòng)就把民間研究、中醫(yī)斥為偽科學(xué)。對(duì)中國的自主創(chuàng)新科研打擊很大，他說，“其目的是消滅中國傳統(tǒng)文化”。

　　中國氣象科學(xué)院研究員任振球認(rèn)為地震可以臨報(bào)，方舟子斥為偽科學(xué)。雙方多次公開辯論。任振球?qū)Ψ街圩庸⒐⒂趹�，“我怎么評(píng)價(jià)方舟子？他是漢奸，最大的漢奸。他拿西方人的錢來反對(duì)中國的自主創(chuàng)新�！�

　　2005年之后，關(guān)于“偽科學(xué)”的爭(zhēng)論越演越烈。2006年底，宋正海等人聯(lián)名給中央寫信，要求從科普法中剔除“偽科學(xué)”，并和方舟子多次在公開場(chǎng)合辯論。

　　記者參與過鳳凰衛(wèi)視“一虎一席談”在2007年初主辦的一場(chǎng)電視辯論，方舟子參加了第一場(chǎng)辯論。雙方幾乎發(fā)生了肢體沖突，現(xiàn)場(chǎng)充滿火藥味。反方的一位老先生氣得渾身發(fā)抖，中途退場(chǎng)。劇組甚至請(qǐng)來了醫(yī)療救護(hù)隊(duì)以防不測(cè)。

　　宋正海說，“為什么這么多人對(duì)方舟子不滿甚至憎恨？因?yàn)楹芏嗳艘惠呑拥难芯砍晒�，被方舟子用‘偽科學(xué)’一棍子就給打死了�！�

　　宋正海等人一度懷疑方舟子受到了來自美國敵對(duì)勢(shì)力的資助，曾經(jīng)去查，但是也沒查出什么。

　　當(dāng)時(shí)方舟子從美國回到國內(nèi)結(jié)婚成家。最早主要靠寫專欄和出書掙錢。2004年，方舟子開始在《北京科技報(bào)》開設(shè)“方舟子快評(píng)”，這個(gè)欄目后來還獲得過北京市新聞獎(jiǎng)優(yōu)秀專欄獎(jiǎng)，是當(dāng)時(shí)方舟子在國內(nèi)較早的科普專欄。但是他犀利的文風(fēng)和不留情面的批評(píng)，也引起一些人的反感甚至不滿。甚至有訂戶打電話到北京科技報(bào)社，抗議每周一篇的方舟子專欄，稱如果不撤掉方舟子反中醫(yī)反偽科學(xué)的言論，就拒絕繼續(xù)訂報(bào)。